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Dans 30% des cas, les symptômes reliés à l'insomnie peuvent être causés par une autre pathologie du sommeil, un trouble psychiatrique ou du neuro-développement, ou une pathologie organique. Les principaux diagnostics différentiels de l'insomnie de l'adolescent sont référencés sur cette page.                                                                                                                                                                                                                                                                                     

Syndrome des jambes sans repos (SJSR) : Besoin impérieux de bouger les membres suite à une sensation pénible et/ou douloureuse dans les membres, survenant uniquement au repos ou lors d’activités calmes et amélioré par l’activité.
Syndrome de mouvements périodiques de jambes : Mouvements des membres répétitifs et stéréotypés perturbant le sommeil (mêmes conséquences que le SJSR).

Pleurs survenant chez les nourrissons âgés de 0 à 4 mois, en bonne santé, durant plus de 3h par jour, plus de 3 jours par semaine sur une période de plus de 3 semaines. Ils surviennent fréquemment en fin de journée. Ce trouble concernerait 14 à 30% des nourrisson.

Éduction anatomique ou fonctionnelle du calibre des voies aériennes supérieure durant le sommeil provoquant une gêne (hypopnée) voir un arrêt complet de la respiration pendant quelques instants (apnée). Cela engendre un défaut d’oxygénation et une hypercapnie temporaire. 

Mort Inattendue du Nourrisson : Décès brutal d’un nourrisson de moins de 2 ans, jusqu’alors en bonne santé.